خاص و روش مخصوص عقايد و آراى علمى خود را به صورت تصنيف و تأليف درآورده و در معرض استفادهء اهل فن قرار داده است . آخوند با سبك شيوا و طريق مخصوص خود ، نظريات و آراى حكماى قبل از خود را تحت الشعاع قرار داد و بعد از ظهور و پيدايش آرا و عقايد فلسفى او ، بزرگان علم و معرفت و دوستداران فضيلت از افكار آن جناب استقبال شايان نمودند و از اشعهء انوار حكمت او ، فضاى عالم فضيلت و معرفت منور گرديد . اين حكيم گرانمايه در عصر خود مورد اذيت و تعدّى و ظلم بىشمار « 1 » واقع شده و مخالفان علم و فضيلت و طالبان جمود فكرى و منغمر در اوهام به طرق مختلف از آثار او جلوگيرى نمودند ؛ به همين‌جهت وطن مألوف خود را ترك نمود و به بعض از ديار مقدسه پناه برد « 2 » . به واسطهء اختيار انزوا و عزلت و عدم توجه به خلق « 3 » و توجه تام به حق تعالى ، مورد افاضات بىشمارى قرار گرفت .

--> ( 1 ) . كسانى كه طالب دنيا هستند و عمرى را به جلب عوام از براى حطام دنيوى صرف مىنمايند ، هميشه با كسانى كه در معارف الهيه غور مىنمايند مخالفت مىورزند . اين معنا منحصر به عصر آخوند ملا صدرا نبوده است ، شايد در عصر ايشان اين جهت شديدتر بوده است . ( 2 ) . در مقدمه اسفار گويد : « فألجأنى خمود الفطنة و جمود الطبيعة لمعادات الزمان و عدم مساعدة الدوران إلى أن انزويت فى بعض نواحي الديار و استترت بالخمول و الانكسار منقطع الآمال منكسر البال متوفرا على فرض اودية و تفريط فى جنب اللّه أسعى في تلافيه لا على درس ألقيه أو تأليف أتصرف فيه إذ التصرّف فى العلوم و الصناعات و إفادة المباحث و دفع المعضلات و تبيين المقاصد و دفع المشكلات و الصناعات ممّا يحتاج الى تصفية الفكر و تهذيب الخيال عمّا يوجب الملال و الاختلال و استقامة الأوضاع و الأحوال مع فراغ البال » . مراد از بعض نواحى ، ديار شهر مقدس قم مدفن مطهر حضرت معصومه عليها السّلام است . صدر المتألهين مدتها در اين شهر اقامت داشته است . ( 3 ) . مرحوم آخوند در عصر خود مورد تكفير واقع شد . در هر زمانى كسانى هستند كه براى كسب شهرت و ابراز شخصيت اوقات خود را صرف تكفير و تفسيق اشخاص مىنمايند . ما بسيار از اشخاص متقى و پرهيزكار را در هر عصرى سراغ داريم كه مبتلا به جهال بوده‌اند . منشأ تكفير آنها كلماتى بوده است كه به ذهن شخص عامى و بسيط نادرست مىآمده است .